Tudo que li sobre isso, em 2 minutos de pesquisa, eram coisas de sites esotéricos ou de ufos. Todos apresentam o mesmo gráfico de "vertical ionospheric delay", usado na área de telecomunicações, como justificativa para o "buraco" no Índico.
Só para informar, o tal "buraco" não fica em cima do índico como apregoado. E nem é um "buraco".
O gráfico mostra o delay que os sinais de GPS levam para atingir os receptores, variável que deve ser levado em conta no cálculo da posição.
A localização do tal "buraco" (a densidade da ionosfera) depende do dia, hora e atividade solar. Assim, gráficos tomados em horas e dias diferentes mostrarão o "buraco" em lugares diferentes, como mostra a figura ao lado.
Isso se chama sofisma, um argumento amplamente usado por esses tipos de sites. [Ver site]